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./generated_data/lusc_tcga_gdc
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cBioPortal version 6.0.6
| Line Number | Column Number | Message | Value Encountered | ||
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| Debug | – | – | Requesting info from portal at 'https://www.cbioportal.org' | – | |
| Debug | – | – | Requesting cancer-types from portal at 'https://www.cbioportal.org' | – | |
| Debug | – | – | Requesting genes from portal at 'https://www.cbioportal.org' | – | |
| Debug | – | – | Requesting genesets from portal at 'https://www.cbioportal.org' | – | |
| Debug | – | – | Requesting genesets_version from portal at 'https://www.cbioportal.org' | – | |
| Debug | – | – | Requesting gene-panels from portal at 'https://www.cbioportal.org' | – | |
| Debug | – | – | Retrieving chromosome lengths from '/Users/jko/Code/nci-crdc-pipeline/scripts/importer/chromosome_sizes.json' | – | |
| Debug | – | – | Validating case lists | – | |
| Info | – | – | Validation of case list folder complete | – | |
| Info | – | – | Validation complete | – |
| Line Number | Column Number | Message | Value Encountered | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Debug | – | – | Starting validation of meta file | – | |
| Info | – | – | Validation of meta file complete | – |
| Line Number | Column Number | Message | Value Encountered | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Debug | – | – | Starting validation of meta file | – | |
| Info | – | – | Validation of meta file complete | – |
| Line Number | Column Number | Message | Value Encountered | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Debug | – | – | Starting validation of meta file | – | |
| Info | – | – | Validation of meta file complete | – |
| Line Number | Column Number | Message | Value Encountered | ||
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| Debug | – | – | Starting validation of meta file | – | |
| Info | – | – | Validation of meta file complete | – |
| Line Number | Column Number | Message | Value Encountered | ||||||||||||||||||||
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| Debug | – | – | Starting validation of file | – | |||||||||||||||||||
| Warning | 192, 266, 267… | – | OS_MONTHS is not specified for deceased patient. Patient will be excluded from survival curve and month of death will not be shown on patient view timeline. | <none> |
See all 5 values
Listing all values for the message: OS_MONTHS is not specified for deceased patient. Patient will be excluded from survival curve and month of death will not be shown on patient view timeline.
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| Warning | 331 | 1 | Clinical data defined for a patient with no samples | TCGA-68-7757 | |||||||||||||||||||
| Info | – | – | Validation of file complete | – | |||||||||||||||||||
| Info | – | – | Read 509 lines. Lines with warning: 6. Lines with error: 0 | – |
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| Debug | – | – | Starting validation of file | – | |
| Info | – | – | Validation of file complete | – | |
| Info | – | – | Read 508 lines. Lines with warning: 0. Lines with error: 0 | – |
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| Warning | 86, 177, 178… | – | Entrez gene id not known to the cBioPortal instance. This record will not be loaded. Might be new or deprecated Entrez gene id. | 100033819, 100126296, 100126297… |
See all 1768 values
Listing all values for the message: Entrez gene id not known to the cBioPortal instance. This record will not be loaded. Might be new or deprecated Entrez gene id.
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| Debug | – | – | Starting validation of file | – | |||||||||||||||||||||||||||||||
| Warning | 6801, 8848, 23086… | – | Segment is zero bases wide and will not be loaded | 10131410-10131410, 77760416-77760416, 14128105-14128105… |
See all 9 values
Listing all values for the message: Segment is zero bases wide and will not be loaded
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| Info | – | – | Read 181802 lines. Lines with warning: 9. Lines with error: 0 | – |
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| Warning | 87, 193, 194… | – | Entrez gene id not known to the cBioPortal instance. This record will not be loaded. Might be new or deprecated Entrez gene id. | 100033819, 100126296, 100126297… |
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Listing all values for the message: Entrez gene id not known to the cBioPortal instance. This record will not be loaded. Might be new or deprecated Entrez gene id.
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| Warning | 87, 193, 194… | – | Entrez gene id not known to the cBioPortal instance. This record will not be loaded. Might be new or deprecated Entrez gene id. | 100033819, 100126296, 100126297… |
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| Warning | 87, 193, 194… | – | Entrez gene id not known to the cBioPortal instance. This record will not be loaded. Might be new or deprecated Entrez gene id. | 100033819, 100126296, 100126297… |
See all 1899 values
Listing all values for the message: Entrez gene id not known to the cBioPortal instance. This record will not be loaded. Might be new or deprecated Entrez gene id.
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| Warning | 87, 193, 194… | – | Entrez gene id not known to the cBioPortal instance. This record will not be loaded. Might be new or deprecated Entrez gene id. | 100033819, 100126296, 100126297… |
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| Warning | 87, 193, 194… | – | Entrez gene id not known to the cBioPortal instance. This record will not be loaded. Might be new or deprecated Entrez gene id. | 100033819, 100126296, 100126297… |
See all 1899 values
Listing all values for the message: Entrez gene id not known to the cBioPortal instance. This record will not be loaded. Might be new or deprecated Entrez gene id.
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| Warning | 87, 193, 194… | – | Entrez gene id not known to the cBioPortal instance. This record will not be loaded. Might be new or deprecated Entrez gene id. | 100033819, 100126296, 100126297… |
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| Warning | 3 | – | Including the SWISSPROT column is recommended to make sure that the UniProt canonical isoform is used when drawing Pfam domains in the mutations view | – | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Info | 6, 9, 15… | – | Line will not be loaded due to the variant classification filter. Filtered types: [Silent, Intron, 3'UTR, 3'Flank, 5'UTR, 5'Flank, IGR, RNA] | Silent, RNA, Intron… |
See all 44149 values
Listing all values for the message: Line will not be loaded due to the variant classification filter. Filtered types: [Silent, Intron, 3'UTR, 3'Flank, 5'UTR, 5'Flank, IGR, RNA]
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| Warning | 464, 1287, 1994… | – | Entrez gene id exists, but gene symbol specified is not known to the cBioPortal instance. The gene symbol will be ignored. Might be wrong mapping, new or deprecated gene symbol. | KIAA1522, FAM71C, RNF165… |
See all 331 values
Listing all values for the message: Entrez gene id exists, but gene symbol specified is not known to the cBioPortal instance. The gene symbol will be ignored. Might be wrong mapping, new or deprecated gene symbol.
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| Warning | 13623, 14241, 14600… | – | Gene symbol not known to the cBioPortal instance. This record will not be loaded. | C12ORF66, AC091959.1, FAM160A2… |
See all 29 values
Listing all values for the message: Gene symbol not known to the cBioPortal instance. This record will not be loaded.
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| Warning | 32189, 36353, 59555… | – | No Amino_Acid_Change or HGVSp_Short value. This mutation record will get a generic "MUTATED" flag | – |
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Listing all values for the message: No Amino_Acid_Change or HGVSp_Short value. This mutation record will get a generic "MUTATED" flag
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| Info | – | – | Read 170946 lines. Lines with warning: 366. Lines with error: 0 | – |
| Line Number | Column Number | Message | Value Encountered | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Debug | – | – | Starting validation of file | – | |
| Info | – | – | Validation of file complete | – | |
| Info | – | – | Read 495 lines. Lines with warning: 0. Lines with error: 0 | – |
| Line Number | Column Number | Message | Value Encountered | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Debug | – | – | Starting validation of file | – | |
| Info | – | – | Validation of file complete | – | |
| Info | – | – | Read 1603 lines. Lines with warning: 0. Lines with error: 0 | – |
| Line Number | Column Number | Message | Value Encountered | ||
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| Debug | – | – | Starting validation of meta file | – | |
| Info | – | – | Validation of meta file complete | – |
| Line Number | Column Number | Message | Value Encountered | ||
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| Debug | – | – | Starting validation of meta file | – | |
| Info | – | – | Validation of meta file complete | – |
| Line Number | Column Number | Message | Value Encountered | ||
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| Info | – | – | Validation of meta file complete | – |
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| Info | – | – | Validation of meta file complete | – |
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| Line Number | Column Number | Message | Value Encountered | ||
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| Debug | – | – | Starting validation of meta file | – | |
| Warning | – | – | Unrecognized field in meta file | short_name | |
| Info | – | – | Validation of meta file complete | – | |
| Info | – | – | Setting reference genome to human (GRCh38, hg38) | – |
| Line Number | Column Number | Message | Value Encountered | ||
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| Line Number | Column Number | Message | Value Encountered | ||
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| Info | – | – | Validation of meta file complete | – |
Click on a filename below to see a table of messages about the data in the file. The colors in the tables have the following meanings:
| Error | Error: cBioPortal will not know how to load this, please revise or remove |
| Warning | Warning: possible cause of confusion, please check whether this is intended |
| Info | Info: this looks good, no action required |
| Debug | Verbose output: details on the progress of the validation script |